OS X 10.11 El Capitanにアップデート後どのタイミングからなのかは不明ですが、Time Machineに設定してあるHDDのアイコンが専用の緑色のアイコンではなく、その他外付けディスクと同じオレンジ色のままで表示されるようになってしまいました。
調べてみるとこの問題をあまり気に留めていない人が多いのかあまり情報は多くありませんが、幾つかの対処例があったのでここにまとめておこうと思います。
ただし根治療法というよりは対症療法に近く、また必ずしもどれかの方法で解決するものとも限らないので予めご了承ください。
Time Machine用HDDのアクセス権を弄る
……という方法も紹介されていましたが、大事なバックアップファイルが入っているディスクのアクセス権を弄るというのはお勧めできないので割愛。
Finderを強制再起動
DockのFinderアイコンをoptionキーを押しながら右クリック（または左クリック長押し）で表示されるメニューから "再度開く" を選んでFinderを強制再起動。
もちろん、option＋command＋escで表示されるウインドウからFinderを選んで再起動させても構いません。
試しましたが当方の環境では🙅。
情報ウインドウを呼び出す
Time Machine用のHDDを選択したらcommand＋i（ファイル＞情報を見る）で情報ウインドウを呼び出すだけで直る……というのもありましたが、いささか疑問。
もちろん試しましたがこちらも結果は🙅。
外付けHDDを隠して再表示
Finderの環境設定＞一般を開き、デスクトップに表示する項目にある "外部ディスク" のチェックを外し、再びチェックを入れます。
これもデスクトップ上の外部ディスクのアイコンが再描画されたときには緑色のTime Machineアイコンに切り替わっているとのことでしたが、私のところでは🙅。
外付けHDDを隠して再表示：応用編
手動でもスケジュールでもいいので、一度Time Machineによるバックアップが行われてから前述の「外付けHDDを隠して再表示」を行います。
私のところでは、今のところこのやり方で🙆。
Macを再起動、またはシステム終了させて数時間後に起動させてからもアイコンは緑色のままで正しく表示されています。
もしかしたら偶然別の要因が影響して直ったのかもしれませんが、確認する術が今の所ないのでご容赦ください (^◇^;)
アイコンのカスタマイズ
最も確実なのがこの方法。アイコンを緑色のTime Machineアイコンにカスタマイズ（着せ替え）しちゃうんだから、当然それ以降はTime Machineアイコンで表示されるようになります。
やり方がわからない方は以下のブログが参考になります。
▶︎ りんご大好き OS X 10.11 El Capitan で Time Machineのアイコンが本来の緑アイコンにならない件
ちなみに (｀･ω･´)
Time Machineに設定してあるHDDの第一階層を覗くと、不可視ですがTime Machineアイコンが仕込まれているのがわかります。
あるんだったらちゃんと表示してくれればいいのにねぇ〜。
気持ちが悪いから早いとこなんとかしてくれ、Appleさん…… (´；ω；`)
