OS X 10.11 El Capitanのディスクユーティリティ.appでは、『アクセス権の検証/修復』が廃止されています。
source: El Capitan's System Integrity Protection will shift utilities' functions | Macworld
ディスクの修復のみが行われる仕様に
ディスクユーティリティ.appのインターファイス自体が大幅に変わっているのでわかりにくいと思いますが、［First Aid］ボタンで実行されるのはこれまでで言うところの［ディスクの修復］のみになります。
ちなみに下図がOS X 10.10 Yosemiteまでのディスクユーティリティの画面。全くと言って良いくらい、El Capitanのとは違いますね。
乱暴なまとめ方をすると、OS Xの深いところでの設計が変わったことによる影響と、OS X 10.11.1以降のアップデータを適用する時にメインテナンスプロセスが走るようになったことから、ということのようです。
(´-`).｡oO(実はまだよく理解できていなんだけども……)
尤も、アクセス権の修復はこれまでもホームフォルダ以下に対しては行われていませんので、ある意味では廃止されるべくして廃止された（というか出来ないようにした）というのは自然の流れだったのかもしれません。
今後、大掛かりなメインテナンスを行いたくなった場合はMacをリカバリーモードで起動した上で、そこからディスクユーティリティを使うというのが正しいアプローチになりそうです。
【追記】ちなみに "fsck" による修復は Mac OS X 10.4.x 以降、実はAppleとしては『非推奨』になっています。
