要はシステム終了直前に全アプリを終了させれば良いので……
［追記］しばらく使い続けているのですが、期待通りにアプリケーションが再開しない場合と期待に反して再開してしまう場合があるようです。現在の所、確率的には後者の方が高いのでこのエントリーに記した方法は不適切のようです σ(^_^;)
アプリケーションをすべて終了させてからシステム終了させる、という働きの Automator アクション（アプリケーション）を作ってみました。
システム終了の直前にアプリケーションをすべて終了させておけば "再開" させるべきアプリケーションが無い状態になるので、次回 Mac を起動させても（前回の環境が復元されるまで待たされることもなく）クリーンな状態で迎えることが出来ます。
以下その手順。特に難しいところは無いので "再開" 機能が煩わしいと思われている方は試してみて下さい。
- Automator.app を起動する：新規アプリケーションとしての作成を推奨
- 検索欄に "終了" と入れて（使うプリセットを効率よく探すため：以下同様）
"すべててのアプリケーションを終了" をウインドウ右側へドラッグ＆ドロップ
"すべてのアプリケーションを終了" の対象から除外したいアプリがあればここで指定する
- 検索欄に "確認" と入れて "確認を求める" を前のアクションの直下に置く
確認ダイアログを挟むことで誤操作によるシステム終了を防ぐのが目的
- 検索欄に "Apple" と入れて "AppleScript を実行" を前のアクションの直下に置く
- 予め記述されている AppleScript の 2 行目を以下のように書き換える
tell app "Finder" to shut down：システム終了させよ、という意味 - デスクトップなど、任意の場所に分かりやすい名前をつけて保存
保存されたファイルはアプリケーション形式になっているのでダブルクリックすれば上で作成した処理が実行されます。
アプリケーション形式ですからもちろん Dock に登録して使うことも可能ですし、何らかのヘルパーアプリケーションを介してキーボードショートカットからこのアプリケーションが実行されるように設定するもの良いでしょう。
或はアプリケーション形式ではなくワークフロー形式で作成する、というのももちろんアリです。
ちなみに私はアプリケーション形式で保存し、Speedy というアプリに登録。キーボードショートカットを割り当てて実行出来るように設定してあります。
