OS X 10.11 El Capitanで、ユーザ辞書（システム環境設定＞キーボード＞ユーザ辞書）の登録内容は消えていないのに、変換候補にそれらが出てこない場合が稀にあります。
そのような場合は以下の手順を試してください。
※ ユーザ辞書が消えちゃうトラブルへの対処ではありません
"日本語"（旧ことえり）を再起動させる
アプリケーションフォルダの中にあるユーティリティフォルダを開くと、その中に "アクティビティモニタ.app" があるのでこれを起動します。
ちなみに、初期状態のDashboardではトップの "その他" の中に入っています。
アクティビティモニタ.appのウインドウが開いたら右上の検索欄に "日本語" と入力して日本語入力プログラム（のプロセス）を表示させます。
表示された "日本語入力プログラム" というプロセスをクリックで選択したら、ウインドウ左上にある［（X）］ボタンをクリックします。
するとこのようにプロセスの終了を確認するダイアログが表示されるので［終了］または［強制終了］のボタンをクリックします。
普通、終了させたものはまた起動させなければ使うことはできませんが、日本語入力プログラムはしばらく待っていると自動的に再起動されるので暫し静観。
(´-`).｡oO(HDDかSSDかにもよるけど、概ね数秒程度で再起動されます)
作業としてはこれだけなので、あとはアクティビティモニタ.appを終了して適当なアプリで変換候補にユーザ辞書の単語が出てくるようになったか確認してください。
大抵の場合は突発的な不具合だと思うので、上記方法で直らなかったとしてもMacを再起動させれば回復していると思います。
(´-`).｡oO(それでもダメなようなら深刻なトラブルが起きているのかも？)
