OS 再インストール以外の手を尽くしてもだめだったら試してみて
ごく一部で OS X Mavericks のメール.app が頻繁にクラッシュするというトラブルが起きているようですが、この問題はユーザ領域内のライブラリフォルダにあるメール.app 関係の特定のフォルダを削除することで解決する(かもしれない)ようです。
Macintosh HD/ユーザ/(username)/ライブラリ/Containers/
削除するのは上図で示すフォルダに入っている com.apple.mail フォルダ。メール.app が起動していない状態でこのフォルダを削除したら OS のアカウントへの再ログイン、または Mac を再起動して下さい。
上記フォルダは削除しても次回のメール.app 起動で自動的に再作成されます。Spotlight の再インデックスのような高い負荷は掛からないので再作成最中に Mac が重くなる……ということはありません。
また、上記フォルダを削除することでメール.app のウインドウサイズが初期状態に戻るなど、一部で初期化が行われますが送受信したメールやアカウント設定が消えることはありません。
なお、当方の環境でクラッシュトラブルが起きていないため効果のある対処法かどうかまでは確認できていません、ご了承下さい。
ちなみにメール.app がシステム終了を妨げる場合が時々あるのですが、本対処法では改善は見られませんでした。