フォルダ名に特殊な拡張子を足して Spotlight から排除
システム環境設定＞Spotlight からプライバシーの項目で Spotlight の除外項目を設定する以外に、フォルダ名やファイル名に特殊な拡張子を書き足して除外する方法があるそうです。
やり方は至って簡単。
".noindex" を付け足すだけ
下図のように元のフォルダ名に続けて ".noindex" (= no index) という拡張子を付け足します。
".noindex" を書き足す前は下図のように Spotlight に引っかかりましたが……
".noindex" を書き足すと一瞬で Spotlight の検索結果に出て来なくなりました。
※ 反映に要する時間はフォルダ容量次第
"フォルダ.noindex" ではそのフォルダ自身と内包する全てのファイル／フォルダが Spotlight の検索対象から除外されます。
ファイルの場合
ファイルは付け足すというよりも拡張子を noindex に置き換えることにより Spotlight から除外させます。
ただし、例えば "photo_001.jpg" というファイル名を Finder 上で "photo_001.noindex" という風に直してもうまく行きません（OS X 10.8.3 で確認）。
このファイルを⌘+iすると、実際のファイル名は "photo_001.noindex.jpg" となっていて ".jpg" が残っている事が判ります。Finder 上で ".jpg" が消えた（ように見える）のはここの "拡張子を隠す" が ON になっているためです（OS が自動的に変更している）。
従ってファイルを noindex する場合は Finder 上で書き換えずに⌘+iのウインドウからの書き換えをした方が確実です。書き換えを行うと……
このように確認を促されるので間違いなければ［".noindex" を使用］のボタンをクリックして下さい。
まとめ
フォルダの noindex 化はフォルダのハンドリングに殆ど影響は出ませんが、ファイルの noindex 化は拡張子の "置き換え" をしてしまうのでダブルクリックでファイルを開けなくなったり、或は上のダイアログにある通り別のアプリケーションで開かれてしまうといったことが起こるのでかなり扱い難くなると思います。
いずれにしても noindex を多用すると色々と扱い難いところが出て来ると思うので、その辺は節度を持って（笑）使うようにされることをお勧めします。
※ 不具合を防ぐため OS X システム配下と各ユーザアカウントフォルダ直下（ピクチャやミュージックなど）のフォルダを noindex とするのは控えましょう
