OS X 10.11 El Capitanから、マウスを素早くシェイクするとマウスポインタが大きくなる（見つけやすくなる）機能が備わっています。
もちろんmacOS 10.12 Sierraにもその機能は受け継がれているのですが、macOS 10.12.0からなのか、10.12.1からなのかは定かではありませんが、シェイクしていないのに（普通に移動させただけなのに）突然ポインタがでっかくなる時があります。
(´-`).｡oO(シェイクではなく動かした瞬間に大きくなる、という感じ)
環境依存性の高い症状かもしれませんが、私だけではない模様。
ちなみに使用しているマウスは初代（電池式）のApple Magic Mouseです。
発生条件がわからない
色々試しているものの『マウスポインタが止まっている間は発生しない』ということだけは確実ですが、何をきっかけに巨大化するのか皆目見当もつかず……。
絶対に何かトリガーとなる条件があるはずなのですが、Google先生に訊いてもそれらしい情報にはいまのところ遭遇できていません。
(´－｀).｡oO（検索が下手だった可能性もあるけどさ……）
どうしても我慢できなければ
例えていうならくしゃみかしゃっくりをするようなもので、そう頻繁に発生する現象ではないから気にしないようにするのが一番かもしれません。
それでも、どうしても気になってしまうようであればこのマウスポインタが拡大されるサポート機能をオフにすると良いかもしれません。
設定は、システム環境設定＞アクセシビリティから。
ディスプレイの項目を開くと表示される項目「マウスポインタをシェイクして見つける」のチェックを外せばOKです。
